在跑步的疼办时候出现肚子疼主要是因为：
由于准备活动不足、运动不规律或强度不适合，跑步引起内脏器官不能适应剧烈运动的小腹需要，是疼办引起腹痛的最常见原因。当人体由安静状态进入剧烈运动时，跑步呼吸、小腹循环、疼办消化、内分泌等系统的配合就可能发生紊乱，引起腹痛。还有一种是由于不良运动习惯引起的，多是因为过饱、饥饿或饭后1小时内运动，引起胃痉挛，从而牵扯神经，产生上腹疼痛。另外，患有肝炎、胆道感染、胃肠疾病等慢性病的人，运动时也会出现腹痛现象。
腹痛时要及时放慢运动速度，调整呼吸节奏，再用手按压痛处；轻轻按摩和揉动腹部，也可以起到和顺血脉和减轻疼痛的作用；用手指分别用力按压两前臂的“内关”穴：伸臂，仰掌，在前臂内侧中间，腕后第二横纹上三横指，两根筋的中间。这也有助于止痛；若有心悸、冷汗、昏迷、脉细速等体征，应立即平卧位，并喝一些糖水；如果腹痛顽固，剧烈难忍，应及时停止运动，到医院检查。
运动是好事，但是如果没有掌握好方法的话，不但起不到锻炼的效果，还会给身体造成一定的伤害，所以如果想进行跑步锻炼的话，跑步前的准备活动是必须的，另外要注意运动量最好循序渐进，不要超负荷运动。
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